BioTNT 甲基化检测技术服务
BioTNT 甲基化检测技术服务
DNA突变会导致表型改变。然而,序列不变化,基因调控照样能发生,这就是表观遗传学的威力。DNA甲基化是表观遗传学中的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育中起着重要作用,也与多种癌症密切相关。
脊椎动物的DNA甲基化通常发生在CpG岛中的胞嘧啶。CpG岛是CpG二核苷富集区域,GC含量大于50%,长约200-500 bp。甲基化是由DNA甲基转移酶所催化的,将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶(5mC)。这样一个简单的生化反应却有着意想不到的严重后果。许多重要的过程如胚胎发育和细胞周期调控都与甲基化息息相关,而多个癌症也表现出异常的甲基化模式。甲基化的存在就像一个开关,在不需要基因表达的时候将基因的活性关闭;去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。
5-羟甲基胞嘧啶5-hydroxymethylcytosine(5-hmc)的分子式是C5H7N3O2,是5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)的羟基化形式,5-羟甲基胞嘧啶是TET家族的酶通过氧化5-甲基胞嘧啶(5-mC)产生的,被称为“第六种碱基”,可以调控基因表达的关闭,是一种重要的表观遗传修饰,可能与去甲基化过程有关,5-羟甲基胞嘧啶的具体作用机制还不明确。
甲基化是蛋白质和核酸的一种重要的修饰,调节基因的表达和关闭,与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关,是表观遗传学的重要研究内容之一。 最常见的甲基化修饰有DNA甲基化和组蛋白甲基化。
由于普遍认为DNA甲基化在多种疾病尤其是癌症中扮演着重要的角色,所以人们对表观遗传学研究寄予厚望,希望能从中发现新的诊断和治疗的生物标志物。
DNA甲基化研究有以下两大类实验路线,BioTNT 对此进行了以下比较:
前期处理 | 是否可定量 | 适用性 | 引物设计难度 | 数据表示 | |
甲基化敏感性限制性酶切+QPCR | 酶切 | 是 | 中等样本+多CPG 岛 | 可 | 柱状图和数值 |
5-hmc+5-mc 酶切+QPCR | 酶切 | 是 | 中等样本+多CPG 岛 | 可 | 柱状图和数值 |
亚硫酸盐测序 | 亚硫酸盐处理 | 是 | 少量样本 | 可 | 测序报告,克隆统计 |
MSP+QPCR | 亚硫酸盐处理 | 是 | 大批量样本 | 难 | 扩增图片或数值 |
HRM | 亚硫酸盐处理 | 半定量 | 大批量样本 | 可 | 数据 |
第一类: 不进行亚硫酸盐处理,对样本进行酶切;
实验方法:采用样本抽提DNA 后,应用位点特异的甲基化酶和非甲基化酶进行样本的剪切,避免了亚硫酸盐处理;
后期采用QPCR 方式,对CPG 岛进行定量检测;
可以得到甲基化和非甲基化的含量比例;主要适用于少量样本,多位点的检测;
运用不同试剂盒,通过后期实时 PCR 数据用于确定 5-羟甲基胞嘧啶和 5-甲基胞嘧啶的数量。结果显示了所选组织中 5-羟甲基胞嘧啶水平的变化。
代表产品: Qiagen 甲基化PCR Array;
NEB 5-hmc 和5-mc 定量检测;
Biotnt 提供您进行甲基化CPG 岛甲基化含量和非甲基化含量检测的技术服务;
收费情况如下:
1. 样本抽提和处理费用,300元/样本;
2.单个CPG 岛,费用为150元/八孔双复数据;
新方法推荐:
不进行亚硫酸盐处理,对样本进行酶切,采用样本抽提DNA 后,应用位点特异的甲基化酶和 非甲基化酶进行样本的剪切,避免了亚硫酸盐处理;
后期采用QPCR 方式,对CPG 岛进行定量检测;
可以得到甲基化和非甲基化的含量比例;主要适用于少量样本,多位点的检测;
第一种方法,运用不同试剂盒,通过前期不同酶的处理,以及后期实时 PCR 数据用于确定 5-羟甲基胞嘧啶和 5-甲基胞嘧啶的数量。结果显示了所选组织中 5-羟甲基胞嘧啶水平的变化。
第一种:限制性酶切产物+QPCR 分析甲基化和非甲基化水平:
推荐一:采用Qiagen EpiTect Methyl II DNA Restriction Kit (12)试剂盒,可以通过准备您的基因组DNA 样本,进行后期的QPCR;
使用试剂盒中提供的消化液,进行4种消化;methylation-sensitive restriction enzyme (Enzyme A),消化的是甲基化位点;methylation-dependent restriction enzyme (Enzyme B) 消化的是非甲基化的DNA 序列;
推荐二:采用Biotnt 甲基化DNA 限制性酶切试剂盒,可以通过准备您的基因组DNA样本, 进行后期的QPCR;
通过检测(M0, Mu, Mm,Mum)的CT 值,可以计算出M% 和U%。
第二种:独特方法!
可以同时检测5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)和 5-甲基胞嘧啶(5-mC)的实验方法:
采用5-hmC 和 5-mC 分析试剂盒,能对特定 DNA 位点内的 5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)和 5-甲基胞嘧啶(5-mC)进行定性及定量。这种酶学方法包括三步简单操作,利用了同裂酶 MspI 和 HpaII 对甲基化敏感性的不同。
简述三步操作如下:基因组 DNA 用 T4 噬菌体β-葡糖基转移酶和 UDP-葡萄糖处理,将所有的 5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)糖基化;用限制性内切酶 MspI 和 HpaII 消化 DNA,这两个同裂酶有不同的甲基化敏感性;然后用终点或实时 PCR 来定性和定量不同的甲基化状态。试剂盒的设计目的是简化甲基化分析,增加发现新生物靶标的可能性。
本产品仅供科研使用。不能用于人和动物治疗等其它临床诊断使用!